מזגן מפוצל כולל שתי יחידות נפרדות, המקושרות ביניהן ע"י צנרת גז וחיווט חשמלי. היחידה הפנימית כוללת בדרך כלל מפוח, מחליף חום ורכיב פיקוד חשמלי. היחידה החיצונית כוללת בדרך כלל מדחס, מחליף חום ורכיבים נוספים. בשוק קיימים כמה סוגים של מזגנים מפוצלים:
מזגן עילי- היחידה הפנימית מותקנת בגובה שמעל 2 מטר, וכך נחסך מקום. רמת הרעש שלו נמוכה ופתח האוויר שלו ממוקם בחלקו התחתון. התקנתו יקרה, יש מגבלה של אורך צנרת והפרש גבהים בדומה למזגן הרצפתי. במצב חימום עלול האוויר לעלות למעלה והחדר יישאר קר. מרחק זריקת האוויר ממוצא המאייד קצר. קיים חשש ל"קצר אוויר" בין פתח יציאת האוויר לבין פתח יניקת האוויר.
מזגן נייד- היחידה הפנימית ניידת על גלגלים. אפשר להעבירו מחדר לחדר ומדירה לדירה, הוא אינו דורש התקנה של בעל מקצוע, רמת הרעש שלו נמוכה, אפשר לקרר באמצעותו רק חלק מהחלל.
מזגן מיני מרכזי- היחידה הפנימית מתחברת לתעלות המפזרות את האוויר למקומות שונים בחלל הבית בהתאם לפתחים, ואפשר למזג באמצעותו כמה חדרים באותו הזמן. חסרונותיו: צריכת חשמל גבוהה ולעתים נדרש חיבור תלת פאזי. קיימת מגבלה של אורך צנרת והפרש גבהים, והתקנתו מורכבת ויקרה. נדרש תכנון מפורט של התעלות לאוויר, ובבתים שבהם לא נעשתה הכנה מראש נדרשת לעתים הנמכת תקרה.
מזגן חלון- מזגן המורכב ממכלול אחד של מרכיבים ומותקן בפתח בקיר, כשהדופן החיצונית שלו באה במגע עם החוץ/נמצאת מחוץ לבניין. יתרונו: עלות נמוכה יחסית, התקנה פשוטה (אף כי יש צורך לחצוב בקיר בשל כך). חסרונותיו: רמת רעש גבוהה, יעילות נמוכה יחסית ויכולת לחמם חלל קטן בלבד.
